Un protocole, ou protocole expérimental, correspond au plan détaillé et complet qui explique, étape par étape comment une expérience se déroule afin de tester la validité d’une hypothèse. Il a donc pour but de cadrer l’organisation spatiale, temporelle ainsi que les différentes tâches et le matériel nécessaire.
Il s’agit d’une des 5 étapes d’une étude expérimentale, qui sont, dans l’ordre :
- la formulation d’une hypothèse : affirmation en réponse à la question qu’on se pose et que l’on cherche à confirmer ou infirmer par l’expérience ;
- le protocole expérimental ;
- l’exécution de l’expérience : dans notre cas, l’application des protocoles sur le terrain ;
- les analyses statistiques ;
- l’interprétation des analyses.
Dans le cadre du projet, l’hypothèse émise est que les friches industrielles sont des environnements intéressants pour la biodiversité. Un des indicateurs couramment utilisé en science permettant de faire la synthèse de ces informations est la richesse spécifique. Celle-ci peut se calculer de différentes façons, mais est représentative du nombre d’espèces présentes dans un milieu donné, ce qui traduit souvent la « qualité » d’un milieu. Par exemple, un environnement très anthropisé (modifié par l’action de l’Homme), donc de moindre qualité, est associé à un nombre plus limité d’espèces qui sont d’ailleurs souvent plus généralistes (s’adaptant bien à la modification de leur habitat).
Pour tester cette hypothèse, des protocoles ont été sélectionnés et dimensionnés pour différents groupes d’espèces ou « taxons » (reptiles, orthoptères…), dont la biologie est compatible avec ces milieux. Ces taxons sont pour la plupart peu connus du grand public et donc sous-prospectés. Ces protocoles vont donc permettre, par l’intermédiaire des analyses statistiques ultérieures, d’affirmer ou d’infirmer cette hypothèse.
Certains des protocoles sont constitués de plusieurs « sous-protocoles ». Ceux-ci correspondent à des sous-parties, des étapes intermédiaires mais complémentaires et dont l’importance est équivalente. L’ensemble des sous-protocoles constitue donc le protocole. Si un des « sous-protocoles » n’est pas effectué, le protocole en entier devient invalide. Il est donc obligatoire de réaliser tous les « sous-protocoles » d’un protocole.
